На территории Амстердама находятся два университета: Амстердамский университет и Свободный университет.

Амстердамский университет был основан в 1632 году как Лицей просвещения, и изначально включал в себя два факультета: экономический и философский. В 1877 году лицею было присвоено звание университета. В настоящее время университет подразделяется на семь факультетов: гуманитарных наук, общественных наук, естественных наук, факультет экономики и бизнеса, юридический факультет, медицинский факультет и отдельно от него зубоврачебный факультет. Университет насчитывает свыше 25 тысяч студентов.

Свободный университет был основан в 1880 году на средства протестантской общины. До 60-х годов XX века в этом университете обучались практически исключительно студенты протестантского вероисповедания. Университет включает в себя 13 факультетов и 11 научно-исследовательских институтов.

В городе действует крупный научный музей «Немо» (основан в 1997 году), рассчитанный на молодёжную аудиторию. Купив билет в музей, посетители могут ознакомиться с основными законами физики, химии, биологии и других наук в непринужденной игровой форме.[4]